废水除磷通常使用化学除磷剂或生化除磷两种方法。而碳源作为微生物的营养物质，通常被用于反硝化菌降解总氮中。通过提高水体中的C：N，达到反硝化菌的最佳范围，提高微生物活性，提高生化脱氮效果。
生化除磷主要是利用聚磷菌在厌氧、好氧两个不同环境下的聚磷与释磷反应，好氧前端的厌氧段活性污泥里的聚磷菌需满足释放磷的功能，好氧段活性物中的菌种可以过量地摄取磷。系统内通过不断的聚磷、释磷后，废水中的磷酸盐被活性污泥吸附形成富磷污泥，再通过剩余污泥排放达到减少污水中磷含量。
碳源是在厌氧条件下发酵成为挥发性脂肪酸（VFAs），可以转变为聚b-羟基丁酸，以聚b-羟基丁酸等有机颗粒的形式贮存于细胞内，以此同时就是降解聚磷酸盐过程中的磷酸排出体外。
即在生化除磷中，碳源为其提供原料，因此，在废水生化除磷中通常会要求C/TP。碳源包括原水中所含有机物的内碳源，及C:TP不足，外加的碳源。需要注意的是在除磷脱氮工艺中，如同时启动，需要注意两者的兼容性，避免影响脱氮除磷效果。
生化除磷还需要控制温度、PH值、泥龄及溶解氧量等的影响，具体可参考：想做好生化除磷处理，你需要控制好这几点