碳源是有机物，投加量大，水中溶解氧不足，水体缺氧污泥上浮，丝状菌膨胀，氨氮超标。而投加量不足则会造成反硝化反应弱，总氮超标。
如复合碳源等外加碳源一般投加于废水深度处理的反硝化生化滤池或反硝化缺氧池/厌氧池入水口。如A2O工艺中，通常是投加于第2个A段的进水口。投加量可按C:N:P=100:5:1的比例投加碳源。
如采用加药管投加点投加碳源，需要充分考虑内回流的硝化液中的溶解氧的影响，不要直接放置于硝化液回流点的位置。溶解氧较高时，投加的碳源容易被异养菌和反硝化兼性菌的利用掉，进入反硝化作用的碳源量减少，除了曝气外，跌水曝气也会增加水中的溶解氧，因此，碳源投加点直接投加在回流点的位置上，可能会造成碳源的好氧状态下损失，增加反硝化所需的碳源投加量和成本。尽量避开回流点平行区域。因此，复合碳源可投加于内回流点位下游的3-5m（反硝化区较小时，可缩减到2-3米）。同时还要注意规避水力死角。
