微生物中毒一般是由外来因素造成。特别是工业区内的污水处理厂，更容易由于进水中含有毒物质，超过生化系统正常运行承受能力，引起活性污泥中毒辣，生化系统受冲击，运行异常，出水超标。
怎么判断微生物中毒
1.观察曝气池与终沉池变化：
曝气池污泥呈土黄褐色，泡沫发黄，个体增大，同时数量增多，占到池面30%～50%；终沉池上清液混浊，泥位上升，出水有少量SS带出。可判断为活性污泥中毒初期。
当曝气池活性污泥由土黄褐色急剧变成了黑色，发臭，泡沫数量急剧增多，覆盖池面90%以上；终沉池出水絮体很多，污泥的结构松散和体积膨胀，表面有大量泡沫形成的泥块浮在上面，污泥沉降性能很差时，则到了中毒中后期。
2.理化指标数据分析
采取活性污泥的生物相观察、监测活性污泥的耗氧速率、DO、污泥沉降比、污泥容积指数和密度指数、污泥的沉降速度等措施做进一步的理化分析，可大致判定生物系统微生物是否中毒，中毒程度如何，活性污泥中的微生物的变化过程。
3.重金属指标指标分析
考虑到重金属分析仪器价格较高，可采用相对应水质快速检测试剂管作初步检测，再送检或直接将水样邮寄专业水处理公司做检测分析。
微生物中毒怎么办
1.采用间歇式进水，尽量减少进水，防止有毒害物质进入。
2.减少回流及加大排泥
减少污泥回流量，增加终沉池惰性污泥的排泥时间，进一步减少已留存在终沉池的受中毒污泥回到曝气池中，适当降低曝气池的污泥浓度，对污水中的污染物质进行分离或排放，控制污泥膨胀和污泥上浮，将中毒危害控制在最低限度。
3.活性污泥微生物驯化培养
在上述措施实施后，若中毒程度不深，可采取间歇进水、间歇曝气的方式对曝气池进行控制，将好氧池DO保持在2～3 mg/l，以加快活性污泥微生物的增长。
4.投加微生物激活菌、促生剂、解毒剂
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