复合碳源的投加点通常选择在污水处理系统中需要增强反硝化过程的位置，以便有效地提供微生物进行脱氮所需的碳源。最合适的投加点主要包括：
缺氧池：在缺氧环境下，复合碳源被投加以促进反硝化菌的活动，这些细菌能将硝酸盐(NOx-N)还原为氮气(N2)，从而降低水中硝酸盐含量。缺氧池是进行反硝化作用的关键区域。
厌氧或缺氧区的进水口：例如，在AAO（Anaerobic-Anoxic-Oxic，厌氧-缺氧-好氧）工艺的第二个A段（缺氧段）的进水口投加，确保碳源及时与微生物接触，满足其代谢需求，优化反硝化过程。
反硝化滤池：如果污水处理系统包含此单元，复合碳源也可以在此处投加，辅助反硝化菌的生长，提升脱氮效率。
特定反应器：根据处理流程的不同，复合碳源也可用于为厌氧反应器或好氧反应器提供额外碳源，以支持特定微生物（如聚磷菌）的生长，增强生物除磷效果。
投加复合碳源时，应根据系统的具体设计、进水水质以及处理目标来精确计算投加量，并通过持续监控水质参数（如COD、TN、TP等）来调整投加策略，确保既能满足处理效果，又能维持经济性。正确的投加点和剂量有助于提高整个污水处理系统的处理效率和稳定性。
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